Klassikaline filogeneetika eeldab, et individuaalsed tunnused on kindlalt teada Kuigi nende proovide käsitsi ülevaatamine näitas KRASis mutantseid lugusid, ei ole skaleeritav iga järgmise põlvkonna sekveneerimisega tuvastatud oletatava variandi käsitsi ülevaatamine. Nullhüpoteesina H 0 eeldame, et variant puudub. Siin töötame välja tööriista, nimega Treeomics, et rekonstrueerida metastaaside ja subkloonide filogeenia nende anatoomilistesse asukohtadesse.
Erkki-Sven Tüür 0 Süsteemi sisendiks on kaks siinuslainete allikat, mille parameetrid võtsin tabel 1-st. Süsteemi väljundiks on kahe siinusgeneraatori väljundite summa, mida pidi omakorda piirama ülevalt väärtusega 3,1 ja alt väärtusega -0,2. Selleks kasutasin Saturation küllastus elementi, millele rakendasin nõutavad väärtused Upper limit: 3,1;Lower limit: -0,2. Seda, kuidas Saturation elementi rakendus, on näha viimaselt jooniselt a ja b võrdlemisel.
Tunnitööde aruanne 1 Süvakivimid - intrusiivsed kivimid kristalliseeruvad maapinna all,gabro, graniit Basalt väikeseteraline, gabro suureteraline — vahe kristalliseerumise kiiruses basalt kiire, gabro alglane. Liiva mattudes nooremate setete alla moodustub liivakivim. Litosfäär, konspekt 0 Sünkroontõlge - synchronous translation igal juhul - by all means ma pean seda uurima - I have to examine it ümbrikud ja pealdisega paber - envelpoes and headed notepaper liimipott ja kleepepael - glue stick and adhesive tape esmaabi karp - a first aid box riidepuu ja käärid - hanger and scissors piki seda koridori - along this corridor konverentsisaal ja varustus - the conference hall and the equipment saali välja üürima - to let the hall to äri-inglisekeel sõnad 0 Süsinikdioksiid on kasvuhoonegaasidest tuntuim ja seda põhjusega - selle soojendav efekt, arvestades viimase kontsentratsiooni atmosfääris, on atmosfääri püsikomponentidest suurim mitte arvestades veeauru.
Süsinikdioksiidi kontsentratsioon atmosfääris on tõusnud tööstusrevolutsiooni algusest aasta jooksul ppm-ilt praeguse ppm-ni. Kontsentratsiooni looduslik vahemik püsis eelneva aasta jooksul ja ppm-i vahel.
Majandussotsoloogia põhjalik eksami materjal 0 Süüdi mootor -õhu- või veesõiduki, samuti trammi või raudteeveeremi ohutu liiklemise või käituseeskirjade rikkumisega seotud kuriteo eest ning lihtsast õiguslikust tagajärjest kohus võib võtta süüdimõistetult kuni kolmeks aastaks juhtimisõiguse.
- Positiivne kauplemissusteem moes
- Kuidas vahetada aktsiaoptsioonitehinguid
- Inimeste vähkkasvajate metastaatiliste külvimustrite taastamine - loodusside - Loodusside
- Хедрон провел пальцами по цветным плиткам.
- Sü | Sõnu seletav sõnastik
- Dow 30 kaubanduse signaalid
Tegemist on alternatiivse faktilise koosseisuga, sest mitme elulise asjaolu üheaegsel esinemisel piisab õigusliku tagajärje saabumiseks ühe elulise asjaolu esinemisest mitmest. Veri 0 Sünnikoha truuduse - efekt — paljunemiseks pöörduvad isendid tagasi kohta, kus ise kunagi arenesid lõhilased — lõhe ja meriforell.
Tagajärjeks geneetiline isolaat 3 Antropogeenne: a.
- Скученные на небольшой площади, обитатели города удерживали за собой уголок, куда трудно было проникнуть.
- Без сомнения, религия со столь обширным кругом поклонников должна была включать в себя много прекрасного и благородного.
Ulatuslik tehiskeskkond, mis isoleerib looduslikke liike suurlinnaparkides elutsevad loomad b. Tahtlik uute liikide sissetoomine inimeste poolt kährikkoer, karpkala c.
Metastaaside vahelised evolutsioonilised suhted on Binaarsed variandid ATM V2 olulised, kuid neid on sageli vähem põhjustel 20, 21, 22, Kõigepealt on harva kättesaadavad ulatuslikud andmekogumid ruumiandmete metastaasidest erinevatel organitel. Teiseks, kõige arenenumad vähiproovid pärinevad patsientidest, keda on ravitud mürgiste ja mutageensete kemoteraapiatega, põhjustades mitmesuguseid tundmatuid piiranguid geneetilisele arengule, metastaatilisele progresseerumisele ja selle tõlgendamisele.
Kolmandaks, kasvajad koosnevad erinevatest neoplastiliste ja mitte-neoplastiliste rakkude proportsioonidest ning sellistest ebapuhtadest proovidest tulenevate sisuliste evolutsiooniliste mustrite järeldamine on väljakutse 24, Neljandaks täheldatakse vähktõvega sageli kromosoomitaseme muutusi, sealhulgas kaod, ja varem omandatud variante võib kaduda 23 st mõned variandid ei ole "püsivad".
Viiendaks, isegi juhul, kui seda tehakse suure sügavusega, on järgmise põlvkonna sekveneerimise katvus alati ebavõrdne, mille tulemuseks on erinevate DNA-de proovi erinevates lookustes erinevad ebakindluse summad ja sama lookuse erinevate proovide vahel. Lõpuks kalduvad evolutsiooniliselt informatiivsed geneetilised erinevused kaugemate metastaaside asutajarakkude vahel olema harva 26, 27 ja seetõttu on usaldus oletatava metastaatilise külvimustriga sageli madal.
Kasvajate evolutsiooniliste suhete järeldamiseks hiljuti kasutatud meetodite mitmekesisus rõhutavad neid komplitseerivaid tegureid ja vajadust tugeva filogenoomilise lähenemise järele. Meetodid hõlmavad neid, mis põhinevad geneetilisel kaugusel 20, 28, maksimaalsel parsimoonial 19, 22, 29, klonaalsel järjestusel 3, 15 ja variandi alleeli sagedusel VAF 30, 31, Kaasaegsed filogenoomilised meetodid klassifitseerivad variandid, mis põhinevad vaadeldavatel VAF-idel, moodustades erineva ploidilise ja neoplastilise rakkude sisalduse, ning rekonstrueerivad ulatuslikud fenüülid 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, Selles uuringus, nagu me allpool näitame, metastaaside evolutsiooni rekonstrueerimise korral kannatavad need meetodid informatiivsete variantide väikese arvu tõttu ja ei pruugi identifitseerida alamklone, mis põhjustasid täheldatud külvimustrite.
Abstraktne
Klassikaline filogeneetika eeldab, et individuaalsed tunnused on kindlalt teada Lisaks sellele põhinevad paljud vähktõve evolutsiooni puudutavate puude järeldamiseks kasutatud meetodid nendest, mis on kavandatud seksuaalset ja rekombinatsiooni hõlmavate keerukamate evolutsiooniprotsesside jaoks.
Treeomics kasutab mitmeid proove ruumiliselt eristuvatest kohtadest ja eeldab peamiselt monofüütilisi Binaarsed variandid ATM V2 st monoklonaalset külvamist; polüklonaalset külvamist ja metastaaside taastumist toimub ainult aeg-ajalt 8.
Tulemused Evolutsiooniliselt sobimatud mutatsioonimustrid Meie lähenemise illustreerimiseks keskendusime kõigepealt ravile eelneva pankrease vähi patsiendi Pam03 andmetele viide 27 joonis 1. Asutamisvariandid kloonid kõigis proovides ja unikaalsed variandid täpselt ühes proovis on mitteametlikud parsimoonid selles mõttes, et nad ei anna mingit teavet ruumiliselt eraldatud proovide ühiste esivanemate kohta välja arvatud asutamise kloon ja seega ei lahenda metastaatilisi külvimustrid.
Sellegipoolest võivad unikaalsed variandid anda proovi sublonaalse koostise ja fenogeeni kohta teavet. Parsimoon-informatiivsed variandid mõnedes, kuid mitte kõigis proovides esinevad variandid näitasid vastuolulisi mutatsioonimustreid, kui üritasime tavapäraseid meetodeid kasutades välja tuua kasvaja progresseerumise aluseks olevate evolutsiooniliste protsessidega kooskõlas oleva filogeenia. Evolutsiooniliselt ühilduvate variantide tuvastamine on tuntud kui "binaarne maksimaalne ühilduvuse probleem" ja seda on laialdaselt uuritud aastakümneid 42, 43, 44, 45, 46, Näiteks klassifitseeritakse juhi geenide ATM ja KRAS tõenäolised klonaalsed variandid proovis LuM 2 puuduvateks, sest mõlemad järjestati ainult 14 korda ja neid muteeriti ainult üks kord joonis 1c; täiendavad andmed 1.
Arendasime Bayesi järeldusmudeli, et määrata tagantjärele tõenäosus, kas variant oli või ei olnud leitud igas järjestatud kahjustuses, mitte tugineda binaarsele sisendile "kohal" või "puudub"; joonis 1c; 'Meetodid'. See üldistus, mis on vormistatud segatud tervikliku lineaarse programmina MILP 48, võimaldas meil samaaegselt ennustada sekveneerimise esemeid ja järeldada, et filogeenid on märkimisväärselt jõulised. Nooled tõstavad esile mõned vähirakud LuM 1-s. C Kuumakaart, mis kujutab tagantjärele tõenäosust pmida variandiks peetakse sügavale sihitud sekveneerimisandmetele.
Täissuuruses pilt Kaks klonaalset varianti on evolutsiooniliselt ühilduvad, kui eksisteerib evolutsiooniline puu, kus iga variant on omandatud ainult üks kord ja pole kunagi kadunud.
Inimese vähkkasvajate metastaatiliste külvimustrite taastamine
Seda tingimust nimetatakse täiuslikuks sama varianti ei omandata iseseisvalt kaks korda; lõputu saidi mudel 49 ja püsivad omandatud variandid ei ole kadunud, puuduvad tagasi mutatsioonid phylogeny eeldus - kaasaegsete kasvajate filogeenide rekonstrueerimise meetodite aluspõhimõte 34, 35 36, 37, Meie puhul annab variandi mutatsioonimuster näidiste kogumi, kus variant on olemas täiendav joonis 2. Seetõttu on kaks somaatilist varianti α ja β evolutsiooniliselt kokkusobimatud siis ja ainult siis, kui on olemas järgmised kolm mustrit: i variant α puudub ja β on olemas, ii α on olemas ja β puudub ja β puudub ja iii mõlemad on olemas variandid.
Kuna somaatilised variandid on idutee piires olemuselt puuduvad, on α ja β evolutsiooniliselt kokkusobimatud ning täiuslikud ja püsivad filogeenid ei saa neid andmeid seletada täiendav joonis 2. Näitame, et niisugune filogeenia on tõepoolest olemas, kuid see on peidetud eksitavate artefaktide taga, mis on peamiselt tingitud ebapiisavast katvusest või madalast neoplastilisest rakusisaldusest. Kasutades neid tõenäosusi iga üksiku variandi jaoks, arvutasime usaldusväärsuse skoorid, ühendades tõendid iga võimaliku mutatsioonimustri kohta kõigis variantides ja proovides.
Suvaline mõiste
Me ehitasime evolutsioonilise konflikti graafiku, kus sõlmed määrati kõigi mutatsioonimustrite analüüsiga. Igale sõlmele määrati arvutatud usaldusväärsuse skooride poolt antud kaal täiendav joonis 3. Kui kaks sõlme mutatsioonimustrid olid evolutsiooniliselt kokkusobimatud, lisati vastavate sõlmede serv.
Meie eesmärk oli tuvastada sõlmede kogum, mis maksimeeris kaalude summat usaldusväärsuse skooridkui ükski sõlme paar ei olnud evolutsiooniliselt kokkusobimatu. See maksimaalne komplekt kujutab endast kõige usaldusväärsemaid ja evolutsiooniliselt ühilduvaid mutatsioonimustreid täiendavad meetodid. Et hinnata usaldust tuvastatud evolutsiooniliselt ühilduvate mutatsioonimustrite suhtes, teostasime antud variantidel alglaadimise. Oodatud artefaktide prognoosimine sekveneerimisandmetes MILP-ga saadud lahus andis otseselt iga variandi kõige tõenäolisema evolutsiooniliselt sobiva mutatsioonimustri.
Võrreldes meie tuletatud klassifikaatoreid tavapäraste binaarsete klassifikatsioonidega, ennustas Treeomics oletatavaid sekveneerimise artefakte andmetes joonised 2a, b. Ootuspäraselt põhjustas enamik 68 erinevustest binaarses klassifikatsioonis oletatavatest vale-negatiividest, mis olid järeldatud, et need esinevad Treeomicsis.
Элвин ждал, не рискуя заговорить, пока не получит какого-либо знака.
Viiskümmend viis nendest oletatavatest vale-negatiivsetest oli suhteliselt madal katvus keskmine: 21selgitades, kuidas neid võib kergesti valesti klassifitseerida kui vähest neoplastilist rakkude sisaldust proovides. Sellest tulenevalt esinesid paljud neist ebapiisavatest vale-negatiivsetest proovidest madalaima katvusega maksa metastaaside LiM 5, kopsu metastaasid LuM 2—3 või madalaima neoplastilise raku sisaldusega proovides LuM 1; täiendav joonis 1. Kuigi nende proovide käsitsi ülevaatamine näitas KRASis mutantseid lugusid, ei ole skaleeritav iga järgmise põlvkonna sekveneerimisega tuvastatud oletatava variandi käsitsi ülevaatamine.
Mõned variandid sisaldasid valesid negatiivseid elemente paljudes proovides, mis näitab, et neid variante oli üldjuhul raske helistada. Sinised värvilised sõlmed on evolutsiooniliselt ühilduvad ja punased sõlmed on evolutsiooniliselt kokkusobimatud. Sobimatusid piiritlevad punased jooned servad ringi keskel, mis ühendavad iga sobimatu sõlme paari. Bayesi järeldusmudeli ja tervikliku lineaarse programmi põhjal tuvastas Treeomics iga variandi kõige tõenäolisemalt evolutsiooniliselt ühilduva mutatsioonimustri b ; "Meetodid".
Hallprotsendid näitavad alglaadimise väärtusi proovist. SC näitab prognoositavaid alakloneid. Kopsu metastaasid LuM 1—3 on kujutatud punaselt; Maksa metastaasid LiM 1—5 on kujutatud roheliselt; Primaarsed kasvajaproovid PT 10—11 on kujutatud mustana.
Täissuuruses pilt Kahe suure sügavusega järjestatud variandi puhul ennustas Treeomics 13 oletatavat valetegatiivi. WGS-i andmed kinnitasid nende kahe variandi järjestuse Binaarsed variandid ATM V2, kuid näitasid, et neli tõenäoliselt valepositiivset kõik puuduvad WGS-i andmetes põhjustasid Treeomics'i ennustada 13 vale-negatiivset, mitte nelja valepositiivset täiendav tabel 2.
Kui fenogeensel meetodil ei arvestata sekveneerimise esemeid, on suurte variantide mutatsioonide mustrid sageli vastuolus mis tahes järeldatud evolutsioonipuudega.
Need oletatavad artefaktid võivad samuti aidata selgitada täheldatud kõrget tuumori heterogeensust varasemates uuringutes ja hiljuti teatatud intratumori sarnasust, kui sekveneerimissügavus on suurenenud 19, 26, Evolutsioonipuude tuletamine Tuvastatud mutatsioonimustrite põhjal järeldas Treeomics evolutsioonipuu, mis on juurdunud pankrease vähi patsiendi Pam03 idutee DNA järjestusele joonis 2c.
Me leidsime tugevat toetust evolutsiooniliselt seotud rühmale geograafiliselt erinevatest kahjustustest: proovid LiM 2—5 maksa metastaasid ja PT 11 primaarne kasvaja. See tulemus viitab sellele, et viimane PT 11 vanemkloon külvas need maksa metastaasid. Samuti leidsime sama evolutsioonilise suhte, kasutades madala katvusega WGS andmeid täiendav joonis 4.
Kuigi madal neoplastiline rakusisaldus takistab kindlat järeldust LuM 1 külvi-subklooni kohta, on rekonstrueeritud fenogeeni tugevalt viitab sellele, et maksa metastaasid LiM 1 külvati geneetiliselt erinevast subkloonist kui kõik teised maksa metastaasid.
See mitmekesisus subkloonide külvamisel ja erinevate metastaaside päritolu leiti ka mõnes teises varem ravi mittesaanud kõhunäärmevähi patsiendis Pam01mille andmed näitasid samuti, et maksa metastaasid külvati geneetiliselt erinevatest alakloonidest täiendav joonis 5.
Pam01 filogeenia näitas, et primaarse tuumori erinevad subkloonid tekitasid mitte ainult erinevaid maksa metastaase, vaid ka erinevaid lümfisõlmede metastaase. See tähelepanek viitab sellele, et primaarses tuumoris on ruumiliselt ja geneetiliselt eraldatud subkloonid võimelised metastaase külvama. Peale selle ei ole need subkloonid tingimata eelsoodumuseks külvamiseks konkreetses kohas.
Seevastu Pam02 filogenees näitas, et kõik maksa metastaasid, välja arvatud üks LiM 7 madala mediaankaitse ulatusega 27olid üksteisega ja primaarse kasvaja erinevate piirkondadega väga tihedalt Binaarsed variandid ATM V2, mis viitab hiljutistele lahknevustele täiendav joonis 6.
Pam02 kõhunäärmevähk võib olla väga kiiresti kasvanud, vaid 0, 5 kuud pärast diagnoosimist surmani, võrreldes Pam01 ja Pam03 puhul 7 ja 10 kuuga.
Eksami konspekt 0 Sürrealism on Mõjutusi saadi Sigmund Freudi psühhoanalüüsiõpetusest, mille kohaselt looming lähtub alateadvusest, nägemustest, unenägudest, vaistlikest assotsiatsioonidest jne. Sürrealistid võtsid üle freudismistteesi, et ühiskondlikke konflikte on võimalik lahendada alateadvuslike jõudude vabastamise teel.
Täheldatud geneetiline sarnasus primaarse tuumori ja seitsme metastaasi geograafiliselt eraldiseisvate piirkondade vahel võib viidata primaarse kasvaja suurte osade suurele metastaatilisele potentsiaalile, mis viib selle väga lühikese ellujäämiseni. Meie lähenemise täiendavaks kinnitamiseks analüüsime uuesti kõrge kvaliteediga seroosse munasarjavähi andmeid Saime reprodutseerida kõik Bashashati et al.
Juhtumi 5 puhul teatasid autorid proovi 5c varajast lahkumisest, samal ajal kui Treeomics soovitas hilisemat lahknevust täiendav joonis 7c. Nende andmete põhjalik analüüs uuesti tõlgendatud täiendavas joonisel fig. Mõlemad võimalused näivad ebatõenäolised täiendav joonis 7 ja joonis 1d viites 20 ; seda erinevust tuvastas ka Popic et al.
Treeomics ei nõudnud neid ebatõenäolisi stsenaariume muidu sarnase puu loomiseks. Kaugel põhinevaid meetodeid võib ohustada proovide vahel omandatud mutatsioonide arvu suured erinevused; proovil 5c oli kaks korda rohkem mutatsioone kui kõik teised proovid. Juhtumi 1 puhul teatas Treeomics üsna madalast bootstrap väärtusest ja Popic et al. Selline lahknevus meetodite vahel toob esile usaldatavuse mõõtmise tähtsuse järeldatud filiaalide jaoks, sest muidu on filosoofiat raske tõlgendada lõplikult.
Kui ühes proovis on avastatavate sageduste juures olnud mitu ruumiliselt eraldiseisvat evolutsioonilist ajalugu omavat subklooni st polükloonsed proovid, mis on tingitud polüklonaalsest külvamisest või metastaaside taaskasutamisestei oleks tavapärased filogeneetilised meetodid võimelised eraldama oma evolutsioonilisi trajektoore. Juhtumi 6 eesnäärmevähi andmete puhul viide 17, täiendav joonis 9 tuvastas Treeomics subklonaalsed struktuurid ja eraldas nende evolutsioonilised trajektoorid ilma, et oleks vaja kõrge puhtusastmega proove või sügavaid sekveneerimisandmeid.
In silico võrdlusuuringud näitavad suurt täpsust Rakendasime stohhastilise pideva ajaga multi-tüüpi hargnemisprotsessi, et imiteerida areneva vähi 51, 52 järgi külvatud erinevate metastaaside geneetikat joonis 3; meetodid.
Uurisime kokku 90 iseseisvalt simuleeritud filogeensust, mis koosnes erinevast proovide puhtuse kombinatsioonist, keskmisest sekveneerimissügavusest, punktmutatsiooni kiirusest, kromosoomitasemete muutustest ning mono- ja polüfüütilistest metastaasidest. Keskmine hargnemisvea võrdlemine näitab, et vähese katvusega kogueksomeeride sekveneerimise WES andmetest või väga madala neoplastilise rakusisaldusega proovidest rekonstrueeritud fenogeensustel on kasutatud meetodist sõltumatu kõrge veamäär.
Keskmise katte puhul, mis on või rohkem, langevad veamäärad järsult ja filogeene saab täpselt rekonstrueerida joonis 3c, täiendav joonis Metastaasid M nummerdatakse nende külvamise kronoloogilises järjekorras. Lillad ja sinised jooned näitavad primaarse kasvaja PT liini vahelist arengut.
Roosad numbrid vastavad kõigis vähirakkudes esinevatele alusvariantidele ja sinised numbrid vastavad parsimoonia-informatiivsetele variantidele. Punased numbrid tähistavad submonaalseid variante, mis on omandatud pärast metastaaside külvamist. SC näitab subklooni. Punktkastid illustreerivad biopsiaid. Primaarses tuumoris omandatud privaatsed mutatsioonid lilla numbrid paneelis a ei ole eristatavad hiljem omandatud mutatsioonidest punased numbrid paneelis a.
Väikese katvusega WES-andmetest või väga madala neoplastilise rakusisaldusega proovidest rekonstrueeritud fenüleenrühmadel oli kasutatud meetodist sõltumatu kõrge veamäär.
Arvutusbioloogia ja bioinformaatika Abstraktne Metastaaside evolutsioonilise ajaloo rekonstrueerimine on kriitiline nende põhiliste bioloogiliste põhimõtete mõistmiseks ja sellel on sügavad kliinilised tagajärjed. Genoomiga hõlmatud sekveneerimisandmed on võimaldanud kaasaegsetel filogenoomilistel meetoditel subkloone ja nende fenogeene täpselt dissekteerida mürarikkast ja ebapuhtast kasvajaproovist enneolematu sügavusega.
Täissuuruses pilt Praegused subkloonide järeldusalgoritmid ei rekonstrueeri otseselt erinevate saitide filogeensusi, sest Treeomics teeb järeldusi variantide ühiste filogeensuste kohta, mis mõnikord rühmitatakse alamkloonideks 36, 37, 38, 39, Näiteks joonisel fig 3a illustreeritud simuleeritud filogeenides pidid testitud tööriistad omandatud variandid õigesti määrama asutaja-subkloonile PT SC 1 ja parsimoon-informatiivsetele alakloonidele PT SC7.
Kuna PhyloWGSi tööaeg kasvab märkimisväärselt variantide arvuga, eemaldasime kõik privaatsed variandid PhyloWGSi sisendile lilla ja punased variandid joonisel 3a. Treeomics ja LICHeE olid varustatud kõigi avastatud variantidega ja seetõttu pidid nad eristama parsimoonia-informatiivsed variandid ja eravariandid ning sekveneerimisobjektid.
PhyloWGS-il esines keskmisest vigade skoori rohkem kui 10 korda kõrgem kui Treeomika puhul kõige enam kaalutud stsenaariumides. Treeomics oli kõigi stsenaariumide puhul madalaim keskmine veamäär. PhyloWGS-i toimimine ei muutunud oluliselt monofüütiliste metastaasidega võrreldes võimalik, et see on kasulik. Täissuuruses pilt Edasilükatud metastaaside 21, 23, 53 puhul, mis viisid mitmele evolutsioonilisele trajektoorile ja seega polüfüütilistele kahjustustele, kasvas Treeomics ja LICHeE veaskoor veidi, samal ajal kui PhyloWGS ei muutunud märkimisväärselt võimalik, et eelistatud sisend; joonis fig 4b.
Kõikide stsenaariumide puhul ilmutas Treeomics madalaimat veamäära meetodite lõikes. Huvitav on see, et nii Treeomics kui ka LICHeE tegid parima sekveneerimissügavuse korral, kuid madala või keskmise puhtusega, mis viitab sellele, et on veel ruumi parandamiseks joonis 4b. Me oletame, et suurem puhtus toob kaasa rohkem tuvastatud eravariante ja seega ka rohkem potentsiaalseid sekveneerimisobjekte.
Kõrgendatud punkti mutatsioonikiiruse näiteks mittevastavuse parandamise puudulikkuse tõttu või väga kromosomaalselt ebastabiilse vähi 54 korral oli Treeomicsil endiselt madalaim mutatsiooni maatriksviga st kaalutud stsenaariumist täiendavad joonised 11 ja Arutelu Siin kirjeldatud uus lähenemisviis rekonstrueerib tõhusalt evolutsioonilise ajaloo, tuvastab mürarikkas sekveneerimisandmetes potentsiaalseid artefakte ja leiab esivanemad subkloonid, mis Kreeka valikute strateegia erinevad metastaasid.
Ebaühtlaselt arenevate populatsioonide evolutsiooniteooria koos Bayesi järelduse ja tervikliku lineaarse programmeerimisega võimaldas meil järeldada üksikasjalikest filogenoomilistest puudest, millel on oluliselt vähem vigu kui olemasolevad meetodid joonised 3 ja 4, täiendavad joonised 10— Erinevalt teistest tööriistadest arvestab Treeomics oletatavate artefaktidega sekveneerimisandmetes ja võib seega järeldada oksad, kus somaatilised variandid on omandatud, ning kus mõned võivad olla kadunud evolutsiooni käigus, eeldatavasti kromosomaalsest ebastabiilsusest tuleneva heterosügootsuse kadumise tõttu 23, Järeldatud puude hargnemine põhjustas uue valgust teatud metastaatiliste kahjustuste 6, 11 päritolule ja külvimustrile.
Näiteks, vastupidiselt käärsoolevähile, kus eeldatakse, et maksa metastaasid on seemnete kopsu metastaasidesse 56, näitavad meie tulemused, et see ei pruugi olla pankrease vähi puhul. Rekonstrueeritud fenüülid näitavad ka seda, et primaarses tuumoris olid erinevad subkloonid võrdselt võimelised Binaarsed variandid ATM V2 külvama samas ja erinevates organites täiendav joonis 5.
Estudo dos Gases
Kuid me ei leidnud mingeid tõendeid polüfüeetiliste metastaaside kohta, mis kinnitavad leiud pankrease vähi mudelis, kus enamik kopsude ja maksa metastaasidest olid monofülilised Looduslike metastaatiliste vähkide evolutsioonireeglid, mis viivad Pamsse väga mittesündmusliku metastaaside kuju, on alles hakanud esile kerkima.
Vaatamata nendele üksikasjalikele rekonstrueeritud filogeensetele on mitmeid piiranguid, mida ei tohiks tähelepanuta jätta. Madala mutatsiooniga maatriksviga ei tähenda otseselt õigesti rekonstrueeritud külvimustrite kasutamist võrrelge jooniseid 3c ja 4a. Meetodil võib olla madalad mutatsiooni maatriksvigade skoorid, samas kui neil on suured hargnemisvead ja vastupidi. Veelgi enam, ilma täiendavate andmeteta ei anna isegi õigesti järeldatud vähiväljendid otseselt teavet metastaaside külvamise ajalise järjekorra kohta ega külvialkloonide anatoomilise asukoha kohta.
Näiteks metastaas M4 erines kõigepealt simuleeritud phylogeny, kuid oli külvatud üsna hilja joonis 3a.